Le joueur de 20 ans a impressionné depuis qu'il a rejoint les Eagles début février du championnat Blackburn Rovers.
Wharton, qui a aidé trois buts en 16 apparitions jusqu'à présent, est actuellement sur un contrat de cinq ans et demi à Selhurst Park.
Cependant, Palace pourrait être tenté de vendre pour un gros profit sur le milieu de terrain, qu'ils ont signé plus tôt cette année dans une transaction atteignant 22 £. 5 millions.
Si un accord était conclu, il pourrait devenir la première signature de Vincent Kompany au Bayern après son annonce comme son nouvel entraîneur-chef.
Wharton n'est peut-être pas le seul départ notable de cet été de Palace, qui a jusqu'à présent prospéré sous Oliver Glasner.
Ebelechi Eze a également été lié à une sortie potentielle avant la saison prochaine compte tenu de ses performances tout aussi impressionnantes.
Wharton a fait ses débuts au palais lors de leur défaite 4-1 contre Brighton, sortant du banc pour le blessé Marc Guehi.
Depuis, il a fait 15 départs en Premier League pour la tenue du sud de Londres et s'est avéré être un acteur clé malgré son inexpérience.
Bien qu'il n'ait rejoint Palace que cette année, un déménagement au Bayern serait une énorme opportunité pour lui de briller sur la grande scène en Allemagne.
Kompany est arrivée en tant que patron après le départ de Thomas Tuchel et une campagne qui les a vus aller trophés pour la première fois depuis 2012.
Il rejoint le Bayern après un passage de deux ans à Burnley, qui a été relégué de la Premier League cette saison alors qu'ils ont terminé 19e.
